インボイス制度の経過措置とは、適格請求書発行事業者以外（免税事業者など）からの課税仕入れについて、一定割合を仕入税額控除できる特例です。この割合が2026年（令和8年）10月1日から80%相当額から50%相当額に縮小します。免税事業者との取引がある事業者は、9月末までに取引条件や経理処理の確認が必要です。当事務所でも夏場に「免税事業者の取引先とどう向き合うべきか」というご相談が増えるため、判断材料を整理します。
経過措置とは何か｜3段階のスケジュール
インボイス制度では、原則として適格請求書（インボイス）の保存がなければ仕入税額控除ができません。ただし急激な負担増を避けるため、免税事業者等からの課税仕入れについて段階的な経過措置が設けられています。
| 期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 仕入税額相当額の80% |
| 2026年10月1日〜2029年9月30日 | 仕入税額相当額の50% |
| 2029年10月1日以後 | 控除なし（経過措置終了） |
つまり2026年10月1日以後は、免税事業者から仕入れた場合に控除できる金額が現在の半分強まで下がります。判定は「課税仕入れを行った日」が属する時期で行うため、決算期にかかわらず10月1日を境に取扱いが変わる点に注意してください。
自社への影響はどれくらいか
影響額は、免税事業者からの課税仕入れの規模に比例します。仮に免税事業者からの仕入れが年間1,100万円（うち消費税相当100万円）ある場合の控除額は次のとおりです。
- 2026年9月30日まで：100万円 × 80% ＝ 80万円が控除可能
- 2026年10月1日以後：100万円 × 50% ＝ 50万円が控除可能
この例では年間で30万円の負担増となります。まずは会計データから「適格請求書発行事業者以外への支払額」を集計し、影響額を把握することが出発点です。クラウド会計や会計ソフトでは、インボイス登録の有無を取引先マスタで管理していれば集計が容易です。
9月末までに確認したい3つのこと
1. 取引先の登録状況を洗い直す
制度開始後に登録した取引先もあります。国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で登録番号を確認し、取引先マスタを最新化します。登録済みであれば経過措置の対象外となり、通常どおり全額控除できます。
2. 経理処理・システム設定を確認する
会計ソフトの税区分設定が「80%控除」のままだと、10月以後の仕訳で控除額を誤ります。ソフトの改定時期と設定変更の要否を、9月中にベンダーへ確認しておきましょう。
3. 取引条件の見直しは慎重に
負担増を理由に取引価格の見直しを検討する場合、一方的な減額や取引停止は独占禁止法・下請法上の問題となるおそれがあります。公正取引委員会も、免税事業者であることのみを理由とした一方的な不利益取扱いに注意を促しています。見直す場合は双方の協議によることが前提です。
免税事業者側の選択肢
自社が免税事業者である場合、取引先から登録を求められる場面が増える可能性があります。登録すれば課税事業者となり消費税の納税義務が生じますが、2割特例や簡易課税の適用により事務負担を抑えられる場合があります。
- 登録する：取引先は全額控除できるが、自社に納税義務と申告事務が生じる
- 登録しない：納税義務はないが、取引先の控除額が減るため価格交渉の対象になりうる
どちらが有利かは、取引先の構成（課税事業者中心か、一般消費者中心か）と利益率によって変わります。一般消費者や免税事業者が主な取引先であれば、登録しないという判断も十分に合理的です。
よくある質問
Q. インボイスの経過措置はいつから50%になりますか？
A. 2026年（令和8年）10月1日以後に行う課税仕入れから、控除できる割合が仕入税額相当額の80%から50%に縮小します。2029年10月1日以後は経過措置が終了し、免税事業者等からの仕入れについては仕入税額控除ができなくなります。判定は課税仕入れを行った日で行うため、事業年度の途中でも10月1日を境に取扱いが変わります。
Q. 経過措置の適用に必要な書類は何ですか？
A. 経過措置の適用を受けるには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等の保存と、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿の保存が必要です。帳簿には「80%控除対象」「50%控除対象」など、経過措置の適用対象である旨がわかる記載をします。会計ソフトの税区分を正しく設定しておけば自動的に記載されることが一般的です。
Q. 免税事業者に値下げを求めてもよいですか？
A. 負担増を理由に一方的に価格を引き下げたり取引を打ち切ったりすることは、独占禁止法や下請法上の問題となるおそれがあります。公正取引委員会は、免税事業者であることのみを理由とした不利益な取扱いに注意を促しています。取引条件を見直す場合は、双方が納得できる形で協議することが前提です。判断に迷う場合は事前にご相談ください。
まとめ
経過措置の控除割合は2026年10月1日から80%から50%に縮小します。まずは免税事業者への支払額を集計して影響額を把握し、取引先の登録状況の再確認と会計ソフトの設定変更を9月末までに済ませておくことが実務上のポイントです。取引条件の見直しを検討する際は、独占禁止法・下請法の観点にも配慮が必要です。
国税庁「インボイス制度に関するQ&A」「適格請求書発行事業者公表サイト」、財務省・公正取引委員会の公表資料／e-Gov法令検索。本記事は2026年8月時点で公表されている法令等にもとづく一般的な解説です。税制は改正されることがあり、個別の事情によって取扱いが異なります。実際のご判断にあたっては最新の公表内容をご確認いただくか、税理士にご相談ください。本記事の情報にもとづく行為により生じた損害について、当事務所は責任を負いかねます。
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